大病医疗支出可在个税年度汇算中按政策扣除，需满足个人负担超15000元、限额80000元条件，并通过个税APP、网页端或扣缴单位三种方式规范填报。
如果您在进行个人所得税年度汇算时，希望将符合条件的大病医疗支出纳入专项附加扣除，需确保该支出满足政策规定的起付线与限额要求，并通过个人所得税APP完成规范填报。以下是具体操作步骤：
一、确认大病医疗扣除资格
根据国发〔2018〕41号文第十一条，一个纳税年度内，与基本医保相关的医药费用支出，在医保报销后个人负担（医保目录范围内自付部分）累计超过15000元的部分，可在80000元限额内据实扣除。该支出可由本人、配偶或未成年子女一方申报，但不得重复扣除。
二、通过个人所得税APP填报大病医疗扣除
该方式为最常用且系统自动预填率高的途径，依托医保平台数据实现智能校验与信息回传。
1、打开个人所得税APP，登录本人实名账户；
2、点击首页【专项附加扣除填报】入口；
3、选择对应汇算年度（如“2025年度”），点击【大病医疗】；
4、阅读填报须知后点击【开始填报】，确认纳税人基本信息；
5、填写患者身份信息，可选择本人、配偶或子女作为医疗支出承担人；
6、系统自动调取医保平台预填的“医药费用总金额”及“个人负担金额”，核对无误后提交；
7、若预填金额与实际票据不符，可手动修改并上传医院收费票据、医保结算单等证明材料；
8、选择申报方式（通过扣缴义务人申报或自行申报），点击【提交】完成。
三、通过自然人电子税务局网页端填报
适用于不习惯使用手机APP、或需批量处理家庭成员扣除信息的纳税人，操作逻辑与APP一致，但界面为PC端适配。
1、访问https://etax.chinatax.gov.cn，登录自然人电子税务局（WEB端）；
2、进入【我要办税】→【税费申报】→【专项附加扣除填报】；
3、选择扣除年度，点击【大病医疗】模块；
4、按页面提示逐项填写患者信息、医疗信息及费用明细；
5、上传清晰完整的医保结算单原件扫描件或照片（需含姓名、身份 证号、费用发生时间、自付金额等关键字段）；
6、确认信息无误后，点击【保存并提交】。
四、通过扣缴义务人代为报送
适用于单位财务已开通个税代理申报权限，且纳税人已向单位提供完整合规资料的情形，由单位在自然人电子税务局扣缴端统一录入并报送。
1、向任职受雇单位提供加盖医院公章的医疗收费票据复印件及医保结算单原件；
2、填写纸质版《大病医疗专项附加扣除信息表》并签字确认；
3、单位财务人员登录自然人电子税务局【扣缴端】；
4、进入【专项附加扣除信息采集】→【添加】→选择【大病医疗】；
5、录入纳税人身份 证号、患者关系、费用发生期间、个人负担金额等字段；
6、核对无误后点击【提交】，系统同步至纳税人综合所得年度汇算数据池。
